In diese Zeit fällt der Dreißigjährige Krieg, in dem Schlesien sehr verwüstet wurde und einen großen Teil seiner Bevölkerung verlor. Am Beginn aber stand die Reformation. Sie setzte sich erstaunlich schnell in ganz Schlesien – bis auf die schwach besiedelten Waldgebiete rechts der Oder in Oberschlesien durch. Begünstigt wurde dies durch die damaligen habsburgischen Herrscher, die von dem damals geltenden Recht „cuius regio, eius religio“ (der Gebietsherr bestimmt die Religion seiner Untertanen) keinen Gebrauch machten und durch die Gleichgültigkeit der Breslauer Bischöfe. Mit dem Beginn des Dreißigjährigen Krieges, der die schlesischen Fürsten auf Seiten der Gegner des habsburgischen Landesherren sah, änderte sich dies.

Es begann die sogenannte Gegenreformation. In einem großen Teil von Oberschlesien wurde die Bevölkerung wieder katholisch, der überwiegend evangelisch bleibende Teil der niederschlesischen Bevölkerung hatte sehr zu leiden. Trotz der Not des Dreißigjährigen Krieges und der religiösen Bedrückung war die Habsburger-Zeit die Blütezeit der schlesischen Dichtkunst (Martin Opitz, Andreas Gryphius, Angelus Silesius, Jakob Böhme) und auch – hier auf katholischer Seite – der Baukunst. Auch Anfänge der Industrialisierung sind festzustellen. Die Amtssprache und die Sprache des Adels, soweit sie tschechisch gewesen waren, werden wieder deutsch.